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Il medico e l'Ammiraglio vede a confronto due dei principali protagonisti della seconda spedizione atlantica verso ponente del 25 settembre 1493, Cristoforo Colombo, Ammiraglio del Mar Oceano e Viceré delle Indie e il medico-fisico della flotta di ben diciassette navigli e milleduecento uomini, diego Alvarez Chanca, professionista affermato presso la corte castigliana e esperto conoscitore delle spezie in campo farmaceutico. È proprio dall'intenso rapporto stabilito tra i due personaggi che si evincono, attraverso la puntuale e interessante narrazione del medico, le appassionanti vicende della navigazione nell'Oceano e del soggiorno nell'isola Hispaniola, le reazioni entusiastiche o allarmate che si manifestarono in rapporto alla bellezza della natura e alla brutalità dei cannibali. In particolare lo sguardo critico di Chanca coglie nel suo divenire il mutamento che si stava producendo nella concezione dell'organizzazione della colonia da parte dell'Ammiraglio, il quale, da strenuo sostenitore della buona fede e dell'amicizia degli indigeni, diveniva fautore di un governo autoritario e repressivo con cui colpirà le popolazioni dell'isola insieme agli stessi spagnoli sfiduciati per i deludenti risultati dell'impresa.
